吴旗县是地带性植被。为中温带森林灌丛草原植被。由于人为的破坏和农业的发展，近几年来为人工栽培所代替逐渐向草原丛森林灌丛草原植被过渡。栽培植物谷多秋禾，麦有春小麦、冬小麦、燕麦；梁有软糜、硬糜、而稷最多，俗称谷子；荞麦分甜苦二种；黍有高梁，另有玉蜀黍即玉米；菽有豌豆、绿豆、双青豆、黄小豆、红小豆、黑小豆居多；小麻子、芸芥、黄芥、胡麻、蓖麻、向日葵均可出油，而以黄芥油最多；蔬菜有马铃薯（俗称洋芋、土豆）、白菜、菠菜、茴子白、卷心白、白萝卜、黄萝卜、红萝卜、红薯，葱头、红葱、白葱、菁菜、大蒜、辣椒、茄子、西红柿、黄花、苴莲、蔓菁、莴苣、豇豆、芜荽（香菜），以马铃薯最多；瓜有西瓜、小瓜、黄瓜、糖瓜、南瓜、西葫芦、哈蜜瓜、以西葫芦居多；果有苹果、桃、杏、梨、李子、枣、葡萄、楸子、沙果、红果、奈子；烟有大烟叶、小烟叶，以小烟叶居多。
药用植物有甘草、黄芪、柴胡、秦艽、五加皮、地骨皮、车前子、茜草、土贝母、党参、大力子、茵陈、败
草、蒲公英、冬花、范耳子、知母百合、大青叶、白头翁、白蒺藜、地肤子、大黄、马
铃、桑寄生、麻黄、枸杞子、潼蒺藜、甜地丁、败毒草、老虎刺、苦马豆、荒野豌豆、苦参刺槐、槐实、牛筋条、宁鸡儿、山黧豆、蛇脱草、苜蓿、老草、毒疔草、椿白皮、香椿皮、鹤风、急性子、西河柳、紫花地丁、菁菜、臭麻台、小茴香、防风、连翘、当归、罗布麻、白首乌、牛皮消、打碗花、二丑、地瓜藤、香附子、盖母草、凤轮草、紫苏、青香兰、百里香、泽兰、羊枝莲、天仁子、泽金花、青杞、龙葵、酸酱、角蒿、列当、还阳草、地锦、透骨草、猫眼草、青蒿、艾叶、铁杆蒿、野菊花、大蓟、小蓟、苦菜、漏芦、葵花、施罗花、火绒羊、羽叶千里光、籽蒿、牛奶子、沙棘果、阴行草、油蒿、芦根、白茅根、芨芨草、颗草、龙须草、猫尾草、狗尾草、星星草、薤白、野葱、天冬、射干、马蔺子、人头七、蛇莓、痔疮草、委陵草、五瓜龙、翻白草、龙牙草、景天三七、轮叶景天、珍珠菜、芥子、荠菜、苈子、独行菜、牧马豆、见肿消、定咳草、野棉花、黄花铁绒蓬、虎尾草、翠雀草、王不留行、山紫胡、瞿麦、马齿苋、唐松草、琉璃草、蛇麻子、虫实、灰菜、猪毛菜、杂配藜、骆驼蓬、萹蓄、牛西西、问荆、木贼、卷相、马勃地软、杂蘑菇等，以甘草、因陈居多。
吴旗县森林植被稀疏，覆盖率为7%。主要是人工栽培的灌木林和乔木混交林。多为零星片块分布，集中成块面积很小，天然次生森林呈独木树存在。主要乔木树种有：水桐、河北杨、杨树、柳树、榆树、刺槐、椿树、山杏、楸子、杜梨树等；主要灌木林种有：山桃、红柳；占优势的木本灌木有：柠条、沙柳、酸刺、狼牙刺还有白芨梢、马菇刺、杠柳等。
全县植被分为：一、北部干草原类，主要以长城、周湾、五谷城、主洼子、吴仓堡为典型向南过渡，草被覆盖率为30%。主要植被有百里香（草场总频度约占15%），针茅（占13%）、胡枝子（占11%）、萎陵菜(9%)、棘豆(7%)，其次还有紫苑、冰草、冷蒿、黄蒿、甘草、绵蓬、沙蓬等。涧四周为人工林地。主要有沙柳、小叶杨、柳树、半坡有柠条。二、山地灌林草丛类，包括白豹、楼房坪、长官庙南部，植物种类繁多，一些半灌植物构成了草场的优势类群，生长盛密，植被覆盖率为60%，主要植物有：铁杆蒿（总频度为12%）、胡枝子(10%)、紫苑(8%)、针茅(80%)、早熟乐(3%)、萎陵菜(5%)，此外还有棘豆，野豌豆、冷蒿、紫胡、当药、列归、忙牛儿草、飞燕草、地丁、毛茸、百里香、逢子菜、飞廉，主要灌木有：黑刺、锦鸡儿、马茹刺、白笈梢、丁香、杠柳、分布在草场中的乔木有杨树、柳树、杏树、榆树等。三、农林隙地类，主要指镶嵌于农、林地以及埝畔周围的零星草场，是放牧的主要场地，约占天然草场总面积的75%。
纵观全县草场植被，北部组成草场优势类群主要为针茅、铁杆蒿群丛、百里香、泠蒿、针蒿、萎陵菜群丛、百里香群丛、针茅群丛等。渐次向南，种类逐渐增多，群体也逐渐增多，而且出现豆科、禾木科牧草增多趋势。组成草场优势类群主要有：铁杆蒿、胡枝子群丛，铁杆葶、针茅群丛、翻白菜群丛等。植被覆盖率为62.5%。
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