由于受黄土及中生代厚层沙岩特性，气候干旱和严重的水土流失等影响，导致该河主要离子总量大。由于降水变率大，影响到河流输盐过程，因而离子总量出现较大的年际变化。下游温家川站离子多年平均值为360.90毫克/升，最大值682.80毫克/升，最小值168.60毫克/升。同时由于降水季节分配不均，离子的季相动态显著。总的说来，夏季河流含量最高，冬季次之，春秋两季最低。这反映着夏季因适雨季，降水多，洪量大，进入河流的泥沙多，带来较多盐分，导致离子含量最高；冬季正值枯水季节，河流主要依靠地下水补给，地下水中含溶解的大量盐分进入河流，形成离子次高的含量。离子总量的地域差异也较为明显。上游离子总量低，中下游离子总量高，一般介于200～400毫克/升，中下游多在400～800毫克/升之间。这种现象既反映着上游和中下游下垫面的性质不同，又说明中下游流量和河网密度大，为河流离子含量的增大提供了条件。
总硬度，大柳塔、神木附近＜10.0（硬度），孙家岔、店塔段为10.0～15.0度，下游为15.0～20.0度，多数属中等硬度水，下游属硬水。用作农田灌溉无大的危害，能够满足多种作物对灌溉的要求。上游河水中镁含量较低，对鱼类生活无害，下游河水中镁离子含量大，对鱼类养殖有一定妨碍。据专家研究，总硬度低于3度或高于30度的河水，不宜养殖鱼类。窟野河水总硬度在3度以上，30度以下，有利于河水及塘库鱼类放养。但下游部分河段总硬度超过15度，对工业和生活用水都是不理想的。
秃尾河 发源于县境瑶镇乡的官泊海子，宫泊沟、谷丑沟两大支流在乌鸡滩汇流后称秃尾河。流经瑶镇、高家堡、乔岔滩等地，至万镇河口岔村入黄河，全长140公里。全河比降3.87‰，其中谷丑沟以上3.47‰，谷丑沟至开荒川段4.53‰，开荒川以下3.18‰。高家堡以上河道较宽缓平直，红花渠以南，河道曲折，曲流发育。清草界沟至玄路塔段，沿岸多沙丘、黄土，河床不定，水流较分散。玄路塔至跃邦段，以沙岸为主，部分河段切入基岩40～60米，一束一放的形势比较明显。跃邦至河口段，以岩岸为主，水流较集中，曲流较多。中游河谷开阔，河床宽浅、漫滩及Ⅰ级阶地比较发育。下游河谷深地，河道变窄，河漫滩及阶地不发育。漫滩前缘一般高出河水面4～6米，滩面宽100～200米。Ⅰ级阶地沿河零星分布，高家堡、乔岔滩等村镇座落其上。Ⅱ级阶地阶面呈条状零星分布。
主要支流自北而南有谷丑沟、河子沟、青草沟、枣稍沟、黑龙沟、前青杨树沟、青水沟、团团沟、喇嘛沟、红柳沟、洞川沟、则里沟、乔岔滩沟、刘家畔沟、芦家铺沟、跃邦沟、高新庄沟等。流域面积包括瑶镇、大保当、高家堡、乔岔滩、花石崖、万镇等6个乡镇，163个村庄，计2370平方公里，占全县总面积的31.4％。
据高家堡站测，多年平均流量12.7立方米/秒，最大流量为3500立方米/秒（1970年8月2日），最小流量为0.83立方米/秒（1977年1月13日）。年径流总量为4.0亿立方米。据高家川站测，地下水补给每秒10.40立方米，地下水补给径流占总径流的75.9％。平均11月3日开始结冰，1月8日封冻，3月4日解冻，封冻期50天。最大冰厚2.08米。年输沙总量2830万吨，12月至次年2月占0.4％，6～8月占88.7％，6～9月占93.8％，7～8月占87.3％。据大树弯站测，阳离子（K
++Na
+、Ca
++、Mg
++79.32毫克/升，阴离子（Ca
-、
、HCO3）237.27毫克/升，离子总量316.58毫克/升。河水总硬度，上游10.0～15.0度（德度），中游＜10.0度，下游15.0～20.5度。其水文特征基本与窟野河相同。
内陆河 流入红碱淖海子的有蟒盖兔河、齐盖素河、尔林兔河、前庙河、扎萨毫赖河。流入大保当乡打坝梁海子的有野鸡河。这些河流都有间歇特征。
二、湖泊
县境北部大保当、中鸡、瑶镇3个乡镇内共有46个湖泊（俗称海子），较大的有12个。
红碱淖海子 位于尔林兔镇东北角，与中鸡乡交界处。总面积54平方公里，为陕西省最大的内陆湖。平均水深15～16米，最大深度20米，总水量为8.1亿立方米。有扎萨毫赖河、蟒盖兔河等7条季节性河流注入。1958年本县创办国营鱼场，现年可产鲜鱼约20万斤。
宫泊尔海子 位于瑶镇乡河湾村西北，面积2平方公里。
活鸡素海子 位于瑶镇乡，面积1平方公里。
庙海子 位于尔林兔镇解家村西北，面积1平方公里，产鱼。
窝兔采当海子 位于瑶镇乡窝兔采当村南，面积1平方公里。
小淖 位于中鸡乡红碱淖东北，面积3平方公里，出红碱、鱼。
纳林采当海子 位于中鸡乡纳林采当村西北，面积1.5平方公里。
巴吓采当海子 位于尔林兔镇巴吓采当村东南，面积2平方公里。
依肯特拉海子 位于尔林兔镇依肯特拉村西南，面积1平方公里。
木独兔海子 位于尔林兔镇木独兔村南，面积0.5平方公里。
杭家界海子 位于大保当乡高家圪堵村东，面积1.5平方公里。
摆言采当海子 位于大保当乡摆言采当村北，面积2平方公里。
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