佛坪处于暧温带和北亚热带两大植物区的接壤地带和动物古北界与东洋界交汇处，具有动植物种类及数量繁多的特点。
根据清《佛坪厅志》、《佛坪乡土志》等记载和中、省、市、县有关单位、院校的科研人员调查、普查工作，在县境内采集收集到蝶类标本120种，虻类11种。其中有19种蝶和2种虻为陕西省最新发现。发现野生脊椎动物439种。其中鱼类55种，两栖类15种，爬行类27种，鸟类239种，兽类103种。根据《国家重点保护野生动物名录》，境内有国家一级保护动物金丝猴、大熊猫、云豹、豹、虎、扭角羚、黑麂、黑鸛、金雕、大鸨等10种。二级保护动物猕猴、穿山甲、豺、黑熊、小熊猫、石貂、黄喉貂、水獭、大灵猫、猞猁、金猫、小灵猫、林麇、黄羊、鬣羚、斑羚、岩羊、鸳鸯、鸢、赤腹鹰、雀鹰、松雀鹰、普通鵟、红信、大鵟、血雉、红腹角雉、勺鸡、白冠长尾雉、锦鸡、灰鹤、佛坪红翅绿鸠、红角鸮、鸺鹠、纵纹腹小鸮、长耳鸮、山瑞鳖、大鲵、秦岭细鳞鲑等39种。无脊椎动物繁多，因调查尚未详尽，故不能详载。境内植物共有5门180科1603种。其中，地衣类5科12种；苔藓类20种30种；蕨类24科71种；裸子类6科20种；被子类125科1470种。这些植物中，药用植物904种；纤维类植物98种；糖及淀粉类植物130种；油脂及芳香油类植物248种；鞣科类植物100种；观赏类植物370种；其他类植物136种。参照国家环境保护局和中国科学院植物研究所1985年10月公布的《中国珍稀濒危保护植物名录》，境内有保护植物23种。其中二类保护植物有连香树、星叶草、杜仲、银杏、独叶草、太白红杉、狭叶瓶儿小草、大棵青杆、山白树、水青树10种，三类保护植物有秦岭冷杉、庙台槭、华榛、金钱槭、领春木、水曲柳、天麻、野大豆、厚朴、青檀、桃儿七、银鹊树、延龄草13种。
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