清凉寺乃隋唐古刹，见于记载者云：始建于隋开皇元年（西元五八一年），距今已有一千四百年的历史，曾名真寂寺、崇福寺、化度寺等，金大定二年（西元一一六二年）法演法师扩建，敕封为清凉寺。　　
　　一九四四年，长安县对土地村庄进行测绘，档案记载，清凉寺原有土地八十馀亩，其中建筑面积十五亩，分南北两院。南院有僧房三间及大雄宝殿，殿内有弥勒玉佛一尊，隋代风格，造型精美，现保存於西安碑林博物馆。寺内现存民国甲戌年住持僧智朗建立的「古清凉寺」石碑一通。
　　
　　解放後，长安县法院搬迁至清凉寺南院办公，一九六三年县党校、上塔坡小学分别设在此处，一九七一年小学迁校改建。一九九七年九月，长安县政府下发了《关於为恢复清凉寺划拨国有土地使用权的批复》，同年十二月清凉寺获得十六．五六七亩土地的使用证，一九九八年和二○○一年两次建成僧房二十间，灶房三间，饮水井一眼。